1950年12月，中共建阳地委、南平地委按照中共中央《关于建立检察机构问题的指示》，分别成立福建省人民检察署建阳专区分署和南平专区分署。1954年12月15日，根据宪法、人民检察院组织法和最高人民检察院指示，建阳、南平两分署分别更名为福建省人民检察院建阳专区分院和南平专区分院。1956年6月15日，根据国务院关于撤销建阳专区，所辖各县并入南平专区的决定，建阳分院并入南平分院。1967年5月，南平地区革命委员会成立，下设人民保卫组，取代公、检、法三机关工作。1975年1月17日，四届全国人大一次会议修改通过的《宪法》规定，检察机关的职权由各级公安机关行使，检察机关从立法上被撤销。1978年3月5日五届全国人大一次会议修改通过《宪法》，规定设置人民检察院，10月，中共建阳地委按照中共中央《关于建立检察机关的通知》，成立建阳分院。

　　南平市建阳区人民检察院按照法律规定和业务分工设置内部机构，目前共设有9个工作部门（详见主要内设机构及职责），南平市检察机关现有编制58名（含工勤6名），实际在岗48人（含工勤2人)。