南平市建阳区人民检察院按照法律规定和业务分工设置内部机构，目前共设有9个工作部门。分别为办公室、政治部、第一检察部、第二检察部、第三检察部、第四检察部、第五检察部、综合业务部。另外设置其他机构1个，为司法警察支队。各部门职能设置如下：

　　（一）办公室。负责机关文电、会务、机要、档案、保密、督查、信息等工作。组织协调院重要工作部署的贯彻实施。起草审核相关文件文稿。负责人大代表、政协委员联络工作和特约检察员联系工作。负责网络安全与信息化建设工作，配合上级人民检察院做好检察技术相关工作。负责本院财务和装备管理、固定资产管理、政府采购、基础设施建设和后勤服务保障等工作。

　　（二）政治部。负责本院思想政治工作和组织人事工作。根据干部管理权限，协助院党组依法管理本院检察官及其他检察人员。负责本院机构设置、人员编制、考试录用和干部任免、调配、检察官等级评定、年度考核、工资福利及干部人事档案等管理工作。负责本院新闻宣传和舆论引导工作。牵头负责本院意识形态相关工作。组织开展表彰奖励相关工作。负责开展教育培训工作。负责院机关党群工作。负责离退休干部工作。

　　（三）第一检察部。负责对法律规定由本院办理的除第二、第五检察部承办案件以外的普通刑事案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关刑事诉讼监督以及相关案件的补充侦查。办理本院管辖的相关刑事申诉案件。

　　（四）第二检察部。负责对法律规定由本院办理的危害公共安全犯罪，故意杀人、抢劫、毒品等犯罪，监察委员会移送的职务犯罪，破坏社会主义市场经济秩序犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关刑事诉讼监督以及相关案件的补充侦查。下设未成年人检察专门办案组，负责未成年人犯罪和侵害未成年人犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关刑事诉讼监督以及相关案件的补充侦查。开展未成年人司法保护和预防未成年人犯罪工作。办理本院管辖的相关刑事申诉案件。

　　（五）第三检察部。负责对刑事强制措施执行、刑罚执行、强制医疗执行等执法活动的监督，开展重大案件侦查终结前讯问合法性核查，羁押必要性审查。办理罪犯又犯罪案件。根据指定立案侦查司法工作人员相关职务犯罪案件。

　　（六）第四检察部。负责办理向本院申请监督的民事、行政案件的审查、提请抗诉或发出再审检察建议。承办对南平市建阳区人民法院民事、行政诉讼活动的法律监督。开展民事支持起诉工作。办理本院管辖的相关申诉案件。 

　　（七）第五检察部。负责对法律规定由本院办理的破坏生态资源犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉、开展相关立案监督、侦查监督、审判监督及相关案件的补充侦查。开展生态司法保护和犯罪预防工作。办理法律规定由基层检察院办理的公益诉讼案件。对由基层人民检察院管辖的公益诉讼案件派员出席法庭，依照有关规定提出检察建议。办理本院管辖的相关申诉案件。

　　（八）综合业务部。负责受理向本院的控告和申诉。承办本院管辖的国家赔偿案件和国家司法救助案件。负责12309检察服务平台具体工作。负责案件的统一受理流转、办案流程监控、涉案财物监管、法律文书监管、案件信息公开。统一组织办案质量评查、业务统计和分析。负责组织开展检察理论研究、专题调研，承担本院检察委员会日常工作、司法体制改革综合协调、检察普法等。负责本院提出的检察建议书、纠正违法通知书的审核把关。负责涉台港澳侨、涉外相关检察事务工作。承担对本院各部门执行法律、法规和上级人民检察院的规定、决定情况进行督察。

　　其他机构：司法警察大队。作为本院直属机构，负责组织落实检察机关司法警察工作条例、规定、办法。负责办案安全保障、警戒保卫等相关工作。